骷髅洞穴的唯一入口就在沙漠地图的左上角，进去之前必须确保沙漠地图已经处于开通状态。而开通沙漠地图需要再社区坏掉四万两千金，将金库收集保任务的物品全部拿到。开通沙漠地图就需要去收集一把头骨钥匙，使用头骨钥匙就可以将骷髅洞穴入口的石门打开。在一百二十层的矿井中进行探索时有概率捡到地图中的大宝箱，从宝箱中就有机会开到一把头骨钥匙。在骷髅洞穴中并没有便捷的搭载工具电梯，每次进去都需要从第一层开始下。

在探索骷髅洞穴期间主要是为其收集四种高价值物品，也就是铱矿石、五彩碎片、万象晶球以及宝箱。在每一层骷髅洞穴中可以获取到的铱矿石数量，与当前探索的洞穴层数成正比。利用铱矿就有百分之四的低概率会产出五彩碎片，并且每一层中的石头在被打掉之后都有概率掉落万象晶球。从万象晶球中既可以可能开出各类矿物，也可以在积攒足够数量的万象晶球后，直接找到沙漠商人并与其交换到古物宝藏，从古物宝藏中就可以开掉博物馆中待收集的藏品。同时前往骷髅洞穴后还可以顺带将两个任务做完，分别为齐先生的两个矿洞任务以及常规的杀怪任务。

此外在骷髅洞穴中出现的石头也可以被凿开，将其凿开之后就有可能收获到梯子，使用掉体梯子就可以用来高效率的刷取自动抚摸机。如果你已经把角色使用的普通镐子升级到铱镐的话，仅仅凭借一把铱镐就可以下到骷髅洞穴的一百层。但是利用角色手动凿矿洞的效率非常低，这里更推荐提前花掉一些金钱购买到足够数量的炸弹，这样就可以利用炸弹的爆炸效果进行快速的下矿。这里需要注意在凿开石头获取到梯子时，在原来石头存在的位置酒壶已出现一个圆圆的坑洞。

这些圆圆的坑洞就是会掉下去的竖井，掉下去之后就会导致角色随机下落三到十五层。此外骷髅洞穴内的计时方式与洞穴外存在较大差别，在洞穴外过完一分钟需要四十二秒，而洞穴内的一分钟要洞穴外多十二秒。但是其他地图的时间不会因为人物身在洞穴中而产生改变，比如农场中正在进行酿酒，小桶还是按照农场内的四十秒过完一分钟进行计算的。